Trong khi sự đáng giá đồng tiền là tiêu chí chính để lựa PPP cho cung cấp các dịch vụ công, PPP cho sự đổi mới nên được lựa chọn dựa trên tầm quan trọng của những lợi ích tương hỗ và bổ sung. Các phương pháp tiếp cận khác nhau có thể sử dụng để tạo điều kiện cho sự tham gia của các doanh nghiệp nhỏ, trong khi đảm bảo chi phí giữ ở mức thấp hơn lợi ích.

Về các vấn đề quản trị, hầu hết các nghiên cứu đề cập đến sự cần thiết phải có các mục tiêu và quy định rõ ràng, ví dụ như liên quan đến việc chia sẻ chi phí, lợi ích và rủi ro, quản lý sở hữu trí tuệ, và giải quyết tranh chấp. Dàn xếp IPR là nét đặc trưng của PPP cho đổi mới và có ý nghĩa quan trọng, đòi hỏi phải có thỏa thuận hợp đồng rõ ràng giữa các đối tác về việc chia sẻ lợi ích. Việc có nhiều thỏa thuận là điều có thể tùy thuộc vào chiến lược của các đối tác và loại hình đổi mới. Thực hiện thành công PPP phụ thuộc vào chất lượng quản lý công, và chúng không bù đắp cho sự thất bại của chính phủ trong lãnh đạo.

Các chuyên gia cũng khuyến cáo nên giám sát và đánh giá thường xuyên, sử dụng các thủ tục và chỉ tiêu đã được thỏa thuận trước để đánh giá tất cả các tác động kinh tế-xã hội và môi trường. Sự minh bạch, tham vấn với các bên liên quan và thiết lập giải quyết tranh chấp và các chiến lược thoái lui cũng được kiến nghị. Sự tham gia sớm của tất cả các bên liên quan, được nhắc đến như một yếu tố thành công. Một số nghiên cứu cũng đề cập đến tầm quan trọng của các cơ chế lãnh đạo và chỉ đạo nhà nước. Các thỏa thuận về thể chế cần phải rõ ràng, nhưng mức độ hình thức được khuyến nghị khác nhau. Đối với Ngân hàng Thế giới và OECD, một hợp đồng giữa các đối tác là điều quyết định, chứ không phải là một cơ cấu thể chế mới.

Về khía cạnh kinh phí, sự cam kết có ý nghĩa quan trọng, cũng như tính linh hoạt. Tầm quan trọng của cam kết tài chính dài hạn phụ thuộc vào mục đích: nó được coi là có vai trò quan trọng đối với PPP cho sự đổi mới với chủ trương hạn dài, nhưng không nhất thiết trong mọi ngữ cảnh. Nghiên cứu của OECD về nguồn tài chính tối ưu cho PPP đổi mới cũng bao gồm các khuyến nghị về độ lớn tương ứng của các đóng góp tài chính công và tư, tùy thuộc vào tầm quan trọng tương đối của lợi ích công cộng, và vào sự cần thiết để tùy chỉnh dàn xếp tài chính cho giai đoạn nghiên cứu. Cần có các quy định điều chỉnh sự chuyển giao rủi ro giữa các bên tham gia và cần làm rõ các thuật ngữ "chuyển giao rủi ro công bằng" hay "lợi tức công bằng cho những người chấp nhận rủi ro". Các chuyên gia khác chỉ ra sự cần thiết tài trợ cho các nỗ lực điều phối đặc biệt.

Sự minh bạch là điều đáng mong muốn ở tất cả các giai đoạn thực hiện. Các khía cạnh được đề cập cụ thể trong bối cảnh đổi mới là những đề xuất xây dựng trên các mạng lưới hiện có, tùy chỉnh các thỏa thuận, và bao gồm các cơ chế thích ứng trong thời gian thực hiện, mặc dù khả năng có thể dự đoán cũng rất quan trọng.

Việc nâng cao năng lực của các đối tác là một yếu tố quan trọng đối với sự thành công của PPP, đặc biệt đối với đổi mới nông nghiệp. Điều này áp dụng cho các đối tác chính phủ, nhà nước cũng như tư nhân. Các kỹ năng mềm trong lãnh đạo cũng liên quan đến tất cả các tác nhân. Trong đó, điều quan trọng là các đối tác xây dựng sự hiểu biết chung, hiểu được những thách thức và dự đoán được các vấn đề.