Hội nhập quốc tế giúp KH&CN Việt Nam khai thác hiệu quả thành tựu quốc tế ở cả lĩnh vực nghiên cứu cơ bản và ứng dụng, góp phần tăng cường cơ sở vật chất, nâng cao trình độ nguồn nhân lực, thúc đẩy quá trình đổi mới công nghệ. Bộ trưởng Nguyễn Quân đã nhấn mạnh đến những thay đổi đáng kể trong việc xây dựng dự toán các dự án nghiên cứu cấp nhà nước, khi những quy định về tài chính được mở rộng, cho phép các chủ nhiệm đề tài được quyền mua công nghệ tiên tiến, thuê chuyên gia nước ngoài; huy động vốn đầu tư nước ngoài với các nhiệm vụ KH&CN của Việt Nam thông qua các chương trình nghị định thư…
Tuy nhiên quá trình hội nhập về KH&CN cũng đặt ra nhiều thách thức cho Việt Nam, chủ yếu là do nội lực của Việt Nam vẫn còn chưa đủ mạnh để đón nhận và tận dụng những cơ hội này. Theo Bộ trưởng Nguyễn Quân, những vướng mắc lớn nhất nằm ở các vấn đề: thực thi các quy định pháp luật về quyền sở hữu trí tuệ chưa hiệu quả; hoạt động chuyển giao công nghệ ở cấp doanh nghiệp chủ yếu dừng lại ở việc tiếp nhận; sự gắn kết giữa R&D với đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao còn hạn chế; các doanh nghiệp khởi nghiệp KH&CN và việc hình thành quỹ đầu tư mạo hiểm ở Việt Nam vẫn chưa được nhìn nhận đúng mức…