Tầm quan trọng của việc phát triển các ứng phó với những thách thức này từ bên trong phong trào đã trở nên rõ ràng khi Ủy ban Châu Âu đưa ra những đề xuất thiếu cân nhắc về một Quy định Hữu cơ sửa đổi vào năm 2014. Bioland, Naturland, Bio Suisse và Bio Austria với thành viên của khoảng 28.000 nhà khai thác hữu cơ phải đối mặt với những thách thức này và dành những nguồn lực tài chính và nhân lực cho sự tiến bộ vững chắc của NNHC.

Thách thức 1. Tăng trưởng yếu trong sản xuất nông nghiệp
Trong 15 năm qua, nhu cầu đối với các sản phẩm hữu cơ ở các nước Tây Âu và Mỹ đã tăng lên ở mức cao hơn đáng kể so với sản xuất NNHC ở cùng khu vực. Trong tám năm qua, nguồn cung cấp các sản phẩm hữu cơ chưa đáp ứng được nhu cầu của người tiêu dùng trên phạm vi toàn cầu.

Theo một số nghiên cứu, sự lưỡng lự của các hộ nông dân hoặc các nhà quản lý trang trại để chuyển đổi sang canh tác hữu cơ có bốn nguyên nhân chính. Thứ nhất, một vấn đề lớn là sự thiếu hụt trong sản xuất nội địa không dẫn đến giá cao hơn. Các nước sản xuất có chi phí vận hành thấp hơn đáng kể (ví dụ do tiếp cận nhiều tài nguyên đất hơn hoặc chi phí lao động thấp hơn) làm giảm giá cả ở các quốc gia có nhu cầu do thị trường dẫn dắt. Các quốc gia và khu vực xuất khẩu bao gồm Ukraina, Romania và Bắc Phi. Ví dụ như nhập khẩu tại Đức, trong một số trường hợp, lợi nhuận của trang trại hữu cơ giảm xuống dưới mức thấp hơn so với trang trại phi hữu cơ.

Thứ hai, vấn đề tồi tệ hơn là các khoản thanh toán trực tiếp của chính phủ đối với nông dân không đủ bù đắp cho hàng hoá công do NNHC sinh ra hoặc các chi phí giảm thiểu thiệt hại môi trường có được. Một số nghiên cứu ước tính một cách thận trọng thiệt hại do canh tác thông thường gây ra trong khu vực từ 80 đến 340 Eur trên mỗi hecta đất canh tác hoặc đồng cỏ.

Nguyên nhân quan trọng thứ ba làm chậm sự tiến bộ trong sản xuất trong nước là sự chậm đổi mới trong ngành hữu cơ. Không phải tất cả các doanh nghiệp đều có nền tảng nông nghiệp giống nhau và có những khoảng cách lớn về nghiên cứu và khuyến nông. Mặc dù trong sản xuất cây trồng và chăn nuôi, khoảng cách sản lượng giữa sản xuất hữu cơ và sản xuất thông thường đã tăng lên trong vòng 20 năm qua, ở cấp độ kinh tế, tiền bản quyền và tiền trồng trọt hữu cơ không bù đắp được cho sự khác biệt này đối với tất cả các sản phẩm liên quan (Hộp 1.5). Chỉ có sự đổi mới toàn diện mới có thể giải quyết xu hướng này, đó là lý do tại sao nhấn mạnh vào sự đổi mới sáng tạo trong khái niệm Hữu cơ 3.0. Một nền văn hoá đổi mới sáng tạo sẽ không chỉ làm cho NNHC có tính kinh tế khả thi hơn mà nó còn giúp tạo niềm đam mê đối với NNHC của số lượng lớn nông dân trẻ và am hiểu về công nghệ.

Cuối cùng nhưng không kém phần quan trọng là, nông dân coi những tiêu chuẩn hữu cơ và kiểm tra là gánh nặng và cũng coi đó là hạn chế quyền tự do kinh doanh của họ, khiến họ không muốn chuyển sang NNHC.

Thách thức 2. Tiềm năng của nông nghiệp hữu cơ trong đảm bảo an ninh lương thực
Những người chỉ trích NNHC xem sản lượng thấp hơn như một trở ngại lớn nhất của nó và hoài nghi về việc mở rộng thêm NNHC bất chấp những lợi ích sinh thái. Các phân tích khoa học liên kết tổng hợp nhiều thử nghiệm thực địa và các so sánh năng suất (hữu cơ so với thông thường) đã chỉ ra rằng khi canh tác tốt nhất, năng suất hữu cơ thấp hơn 20-25% so với sản xuất thông thường. Khoảng cách năng suất giữa luân canh cây trồng hữu cơ khác nhau (canh tác hữu cơ tốt nhất) và các canh tác đơn lẻ (canh tác thông thường kém nhất) thường là thấp hơn đáng kể, trung bình 10% cho toàn bộ hệ thống. Tuy nhiên, những con số này không hoàn toàn phản ánh thực tế vì thường có sự phân tán lớn hơn các kết quả năng suất ở các trang trại thương mại so với các thí nghiệm ngoài thực địa trong điều kiện tối ưu. Điều này chủ yếu đúng đối với các trang trại hữu cơ bởi vì việc khắc phục các sai sót trong quản lý và các điều kiện khí hậu hay phương pháp bất lợi ở các trang trại này gặp khó khăn hơn. Ví dụ, người ta đã chỉ ra rằng năng suất luân canh thông thường ở các vùng canh tác thuận lợi cao hơn hai lần so với các vùng hữu cơ đối ứng của chúng với tốc độ lọc nitrate thấp tương tự. Do đó, lĩnh vực hữu cơ không thể nào tránh khỏi một cuộc tranh luận nghiêm túc về vấn đề năng suất - thậm chí còn cho rằng, vì những hạn chế của nó đối với các can thiệp trực tiếp vào sản xuất cây trồng và chăn nuôi, NNHC thiếu ổn định năng suất hơn và những biến động về năng suất lớn hơn.

Theo ước tính của FAO, mức sản xuất nông nghiệp (thông thường) toàn cầu đủ để nuôi sống tới 11 tỷ người. Tuy nhiên, vấn đề chính là sự phân bố khu vực khác biệt, nó liên quan trực tiếp đến đói nghèo. Hơn nữa, sự thiếu hiệu quả đáng báo động ở các khu vực kinh tế hạ nguồn (chế biến):
• Tổn thất lớn ở các công đoạn lưu trữ, vận chuyển, bán hàng và tiêu thụ thực phẩm;
• Sử dụng các thực phẩm từ thực vật để sản xuất nhiên liệu;
• Dùng làm thức ăn gia súc để đáp ứng nhu cầu về thịt, trứng, các sản phẩm sữa và cá.

Bất kể hệ thống sản xuất nào được sử dụng, luôn luôn là một thách thức khó khăn để không có tổn thất lương thực từ cánh đồng đến lúc tiêu thụ. NNHC không có lợi thế vốn có trong phạm vi này.

Thách thức 3. Cạnh tranh với những sáng kiến bền vững khác
Tính bền vững về mặt sinh thái, xã hội và kinh tế được đưa vào các nguyên tắc của canh tác hữu cơ. Tuy nhiên, các tiêu chuẩn quốc gia, và từ đó cũng là các biện pháp giám sát, chủ yếu chỉ giới hạn trong các quy định về đầu vào và kỹ thuật nuôi trồng được phép. Các yêu cầu đối với tác động môi trường hoặc các quy định về điều kiện xã hội cho nông dân, lao động nông nghiệp cũng như lao động trong các doanh nghiệp chế biến và kinh doanh tuy nhiên vẫn chỉ được quy định một phần và chỉ theo tiêu chuẩn riêng. Tương tự, các tiêu chuẩn đo lường được về sức khoẻ và quyền lợi động vật chưa được thiết lập rộng rãi. Tuy nhiên, bốn Hiệp hội hữu cơ nổi tiếng của Đức đã đưa ra các chỉ số về quyền lợi động vật trong các cuộc thanh tra của họ. Các yêu cầu quản trị tốt vẫn chưa được xây dựng.

Hiệu quả sinh thái tích cực của NNHC là không thể phủ nhận trong các tài liệu khoa học. Trung bình, các trang trại hữu cơ tạo ra sự đa dạng hơn về thực vật và động vật, đất đai mầu mỡ hơn và hấp thu cacbon cao hơn, phát thải khí nhà kính thấp hơn, góp phần giảm bớt sự oxy hóa nước mặt và ngấm trôi chất dinh dưỡng vào nước ngầm và không gây gánh nặng hệ sinh thái do thuốc trừ sâu. Hơn nữa, đất của chúng có chất lượng sinh học và vật lý cao hơn, ít bị xói mòn, giữ nước tốt hơn và tiếp nhận chất dinh dưỡng hiệu quả hơn.

Mặc dù NNHC đã được chứng minh là mang lại sự bền vững hơn mức trung bình, nhưng mức độ xuất sắc riêng lẻ phụ thuộc rất nhiều vào cơ cấu tổ chức và quản lý. Nói chung, giống như trong nông nghiệp truyền thống, có một sự lan truyền đáng kể từ những trang trại tốt đến những trang trại bị quản lý kém. Vì lý do này, trong năm 2013, IFOAM ban hành Hướng dẫn Thực hành tốt nhất cho nông nghiệp và Chuỗi Giá trị do Mạng lưới Hành động NNHC bền vững (SOAAN) xây dựng. Tài liệu này phân chia tính bền vững theo năm phạm vi và đề cập đến tổng cộng 20 khía cạnh và nhiều chỉ số về các phạm vi này.

Ngoài lĩnh vực hữu cơ, đã có sự gia tăng đáng kể các chương trình sản xuất và tiếp thị trong nước và tư nhân đã thông qua các tiêu chuẩn tối thiểu về môi trường và xã hội cho các nhà sản xuất và các chuỗi giá trị hạ nguồn. Trong một số trường hợp, họ là các đối tác liên minh NNHC trong khi cùng lúc trên thị trường, họ là đối thủ cạnh tranh về nhãn hiệu và quảng cáo. Các điều kiện khung bên ngoài gây cản trở cho NNHC (ví dụ như thiếu hạch toán sinh thái, lãng phí thực phẩm và thiếu liên kết chặt chẽ giữa chi trả trực tiếp và hiệu quả môi trường) chỉ có thể đấu tranh bằng các liên minh.

Để lĩnh vực hữu cơ mở rộng ra ngoài khu vực của mình, các liên minh cần nhiều hơn và tốt hơn, bao gồm các liên minh với các sáng kiến kinh tế xã hội khác có định hướng tương tự trong ngành nông nghiệp và thực phẩm. Tuy nhiên, cần phải có một tiếng nói chung giữa ngành hữu cơ với các đối tác này, cho rằng các phong trào tiên phong có xu thế bị vây quanh bởi các vấn đề và lo ngại về biên giới.

Thách thức 4. Minh bạch và an toàn trong chuỗi giá trị 
NNHC đã đi đầu trong các hệ thống đảm bảo chất lượng trong nhiều thập kỷ. Ngày nay, ngành này có nhiều phương pháp khác nhau phù hợp với các tình huống kinh tế xã hội khác nhau. Tuy nhiên, các hệ thống kiểm soát ngày càng đạt đến giới hạn của chúng. Điều này một phần là do nhu cầu liên tục đưa các yêu cầu mới, chẳng hạn như các tiêu chuẩn về quyền lợi động vật hoặc tính bền vững được ghi chép, trong khi đó các luồng hàng hóa quốc tế đôi khi lại là nạn nhân của hoạt động tội phạm do hàng hoá bị cho là gian lận có thể mang lại lợi nhuận cao. Một điều kiện tiên quyết quan trọng để tăng trưởng trong ngành hữu cơ là khả năng của người tiêu dùng để đặt niềm tin của họ vào một hệ thống kiểm tra và đảm bảo chất lượng hoạt động. Các chuỗi giá trị ngắn đòi hỏi các biện pháp khác với các chuỗi giá trị dài. Các phương pháp Trạm phân tích độc hại và kiểm soát điểm trọng yếu (HACCP) được thực hiện ngày nay phải được hiện đại hoá mà không có sự gia tăng lớn về chi phí cho các cơ quan chứng nhận hoặc là gánh nặng (chuẩn bị, xuất hiện) cho người nông dân.

Thách thức 5. Nhu cầu nâng cao truyền thông tới ngưới tiêu dùng 
Người tiêu dùng luôn đóng vai trò quan trọng nhất trong việc mở rộng NNHC, và do đó đã đóng góp vào sự tiến bộ của NNHC.

Khoảng cách ngày càng tăng giữa người sản xuất và người tiêu dùng cũng có nghĩa là những kỳ vọng đôi khi không còn phù hợp với thực tế thay đổi. Các báo cáo tiêu cực trên các phương tiện truyền thông thường không từ những thất bại trong hệ thống đảm bảo chất lượng mà còn từ các quan niệm sai cơ bản về bản chất thực sự của NNHC hiện đại. Với sự phát triển ngày càng tăng, những quan niệm sai lầm cũng sẽ tăng lên và quảng cáo thương mại cũng như các phương tiện truyền thông truyền bá có dụng ý thức những quan niệm sai lầm này. Chúng bao gồm các khái niệm không chính xác và không thuyết phục rằng tất cả các trang trại hữu cơ đều nhỏ, sản phẩm chủ yếu được bán ở cấp khu vực hoặc tất cả các con bê bú sữa mẹ của chúng trong nhiều tuần lễ. Nếu các phương tiện truyền thông mạnh mẽ những hình ảnh như vậy, có thể dẫn đến phản ứng quá mức và ngoài phạm vi quy định. Một ví dụ của điều này là đề xuất không thực tế của Uỷ ban Châu Âu cấm tiếp thị như là hữu cơ đối với các sản phẩm có chứa dư lượng thuốc trừ sâu vượt quá giá trị ngưỡng cho thực phẩm dành cho trẻ sơ sinh (0,01 mg/kg). Đề xuất này đã được đưa ra dựa trên các cuộc điều tra người tiêu dùng có vấn đề về mặt phương pháp.

Truyền thông tới người tiêu dùng do đó phải rõ nét và đầy đủ. Nó phải đưa cả hai phía một cách nghiêm túc và tạo ra sự hiểu biết sâu sắc và thực tế về khái niệm NNHC và sự tiến bộ của nó. Nó cũng đòi hỏi nghiên cứu, do các nhà thực hành, các chuyên gia tiếp thị và người tiêu dùng đều sử dụng các ngôn ngữ khác nhau, và do không thể nhanh chóng thay đổi những kỳ vọng và mong muốn sâu xa. Nói chung nông dân là những người truyền thông tốt; họ có thể đưa ra các ví dụ xác thực về công việc của họ. Phương tiện truyền thông xã hội và các phương pháp thông tin khách hàng khác mở ra các cơ hội mới ngoài việc tiếp xúc trực tiếp với nông dân.