Nước thải từ quá trình xử lý hạt cà phê tươi thường không được để ý và xử lý trước khi đổ vào hệ thống nước thải. Ở Trung Mỹ, người địa phương gọi loại nước này là "nước mật ong" vì vị ngọt cũng như màu vàng của nó. Tuy nhiên, do sự lên men của hạt cà phê, loại nước này chứa nhiều khí methane- một trong những khí thải góp phần lớn nhất gây ra tình trạng nóng lên toàn cầu.

Riêng ở Nicaragua, mỗi năm khoảng 1,3 triệu bao cà phê được sản xuất, gây ra lượng khí ô nhiễm tương đương lượng khí thải từ 20.000 xe ô tô. Loại nước này đổ ra sông khiến những người dân sử dụng nguồn nước này bị các bệnh da liễu và nhiễm khuẩn ruột.

Theo một dự án thử nghiệm đang được tiến hành tại 19 trang trại ở Nicaragua, Guatemala và Honduras, loại nước thải sẽ được xử lý chiết xuất methane và khí này sẽ được sử dụng để chạy máy phát điện và đun nấu.

Dự án này được nhóm phát triển nông trại xanh UTZ Certified của Hà Lan khởi động từ năm 2010 nhằm tìm cách giảm lượng nước sử dụng trong ngành nông nghiệp trồng cà phê và sử dụng chúng sáng tạo hơn. Những người trồng cà phê tại các trang trại này cho biết chỉ một tháng sau khi tham gia, chương trình đã cho thấy hiệu quả. 

Theo giám đốc kỹ thuật của dự án, lượng nước sử dụng tại một trang trại có thể giảm trên 80%. Việc sử dụng khí ga để đun nấu cũng giúp người dân giảm việc chặt củi để nấu ăn. Ngoài ra, đối với các trang trại tham gia dự án, các sản phẩm cà phê của họ sẽ được dán nhãn đảm bảo được sản xuất bằng công nghệ xanh và đảm bảo điều kiện lao động tốt.