Lợi thế thị trường và hỗ trợ của chính phủ đóng vai trò quan trọng trong việc duy trì thu nhập của nông dân 
Giá cao hơn và hỗ trợ của chính phủ có xu hướng bù đắp cho sản lượng thấp hơn và tổng chi phí kinh tế nói chung cao hơn. Lợi thế thị trường phản ánh những lợi ích tập thể được nhận thức của các hoạt động canh tác hữu cơ. Những lợi thế này bù đắp ở mức độ khác nhau cho các chi phí sản xuất và chứng nhận cao hơn, dường như cung cấp sự bình đẳng giữa biên lợi nhuận gộp cho các nhà sản xuất hữu cơ so với các nhà sản xuất truyền thống.

Một điểm quan trọng cần xem xét là những gì sẽ xảy ra với những khoản ưu đãi này khi ngành công nghiệp hữu cơ mở rộng. Nếu ngành hữu cơ tăng trưởng tương tự như các ngành thực phẩm và sợi khác, thì có thể dự kiến sản xuất, chế biến, phân phối và chi phí bán lẻ trên mỗi tấn sẽ giảm theo thời gian. 

Nghiên cứu của Mcbride et al. (2015), về lợi nhuận của sản xuất cây trồng hữu cơ được chứng nhận (ngô, lúa mì và đậu nành) ở Mỹ, cho thấy chi phí kinh tế tăng thêm của sản xuất hữu cơ so với sản xuất thông thường lớn hơn khoản bù đắp, trung bình, bởi lợi nhuận cao hơn từ các hệ thống hữu cơ đối với ngô và đậu nành. Ngô và đậu nành hữu cơ có lợi nhuận trên mỗi mẫu Anh cao hơn khi kiểm soát các yếu tố khác khi so sánh với ngô và đậu nành truyền thống. Tiềm năng lợi nhuận từ canh tác hữu cơ chủ yếu là do hưởng lợi giá cao được trả cho cây trồng hữu cơ được chứng nhận. Nghiên cứu cũng khẳng định sản lượng thấp hơn và chi phí kinh tế cao hơn cho mỗi ha (chi phí biến đổi và cố định) cho canh tác hữu cơ.

Tại Liên minh châu Âu, tỷ lệ chi trả của chính phủ đối với giá trị gia tăng nói chung cao hơn đối với trang trại hữu cơ. Chavas et al. (2009) báo cáo phân tích kinh tế và rủi ro của loạt dữ liệu dài hạn (1993-2006) thu thập theo Thử nghiệm Hệ thống trồng cây tích hợp Wisconsin ở Mỹ. Khi các tác giả ước tính thu nhập ròng chỉ sử dụng giá thị trường, tức là không có chương trình của chính phủ hoặc lợi thế giá hữu cơ, hệ thống đậu nành - ngô không cày là hệ thống hạt có lợi nhuận cao nhất. Khi các chương trình của chính phủ được triển khai, lợi nhuận tăng lên đối với tất cả các hệ thống hạt ngũ cốc, đặc biệt đối với ngô, tăng 50-190%.

Khi các lợi thế giá hữu cơ được bao gồm trong khoản thanh toán của chính phủ, lợi nhuận cho hệ thống ngũ cốc hữu cơ tăng 85-110% và 35-40% đối với hệ thống chăn nuôi gia súc sử dụng thức ăn hữu cơ. Đây là lợi nhuận cao hơn so với bất kỳ tiêu chuẩn của Trung và Tây Âu nào về ngô-đậu nành, ngô, hoặc sản xuất cỏ linh lăng thâm canh. Các tác giả kết luận rằng khi giá ngũ cốc cao, nếu các lợi thế giá hữu cơ vẫn cao thì khoảng cách giữa các hệ thống ngũ cốc sẽ tăng lên vì ưu thế của việc sản xuất thức ăn hữu cơ và chăn nuôi bằng thức ăn hữu cơ. Một lựa chọn mà các tác giả quan sát thấy khi ứng phó với thị trường đang thay đổi này là sản xuất song song. Theo hệ thống này, một số nông dân đang chuyển đổi một số trang trại của họ sang sản xuất hữu cơ, trong khi vẫn duy trì hệ thống sản xuất thông thường ở những trang trại khác.

Chưa có mô thức rõ ràng về hiệu quả kinh tế của canh tác hữu cơ so với canh tác thông thường 
Thực tế là các nhà sản xuất hữu cơ ở Mỹ có doanh thu cao hơn không phải lúc nào cũng được chuyển thành thu nhập cao hơn. Những người nông dân hữu cơ không có thu nhập cao hơn đáng kể so với nông dân truyền thống. Mặc dù tổng thu nhập tiền mặt trung bình của các trang trại hữu cơ được chứng nhận cao hơn so với các trang trại thông thường, nhưng các trang trại hữu cơ phải đối mặt với chi phí sản xuất cao hơn đáng kể. Những chi phí này được giải thích bởi chi phí lao động cao, chi phí bảo hiểm và phí tiếp thị. Các tác giả cũng nhận thấy rằng các nông dân hữu cơ rất tích cực trong việc phòng ngừa rủi ro và bất ổn vốn có lớn hơn trong canh tác hữu cơ. Những phát hiện của họ cho thấy lợi ích bảo hiểm cao hơn 12.000 USD/năm đối với các trang trại hữu cơ so với các trang trại thông thường và các trang trại hữu cơ phải trả thêm 120.000 USD cho phí tiếp thị so với các trang trại thông thường. Tuy nhiên, nghiên cứu dựa trên một mẫu rất nhỏ (65 trang trại hữu cơ được chứng nhận), có thể không đại diện cho ngành hữu cơ ở Mỹ.

Nghiên cứu của EC (2013), so sánh hiệu quả tài chính của các hộ chăn nuôi hữu cơ so với các hộ chăn nuôi truyền thống của ngành sữa ở Áo, Đức và Pháp và trong lĩnh vực cây trồng thực địa (ngũ cốc, hạt có dầu và cây protein) ở ba nước này cộng với Tây Ban Nha và Ba Lan, không có mô thức rõ ràng bởi vì mỗi quốc gia và ngành có mức thu nhập khác nhau trên mỗi đơn vị lao động: Các hoạt động canh tác hữu cơ có năng suất thấp hơn vì chúng bao quát hơn, nhưng giá cao hơn có xu hướng bù lại cho điều này; chi phí sản xuất không phải lúc nào cũng thấp hơn do mức khấu hao của mỗi đơn vị sản phẩm là tương đương hay cao hơn so với các trang trại thông thường; và thu nhập trên mỗi đơn vị lao động thường thấp hơn, mặc dù các khoản trợ cấp nông nghiệp-môi trường và quyền lợi động vật có thể bù đắp cho điều này.

Nghiên cứu toàn diện do Viện Nghiên cứu nông nghiệp quốc gia Pháp (INRA) thực hiện cho thấy khó có thể đưa ra một kết luận rõ ràng về hiệu quả kinh tế của NNHC ở Pháp so với nông nghiệp thông thường, dựa trên việc đánh giá tài liệu do: 1) các định nghĩa không rõ ràng về NNHC (ví dụ nông trại đang chuyển đổi hoặc đã được chứng nhận); 2) quy mô nhỏ của trang trại hữu cơ; 3) các vấn đề phương pháp luận; và 4) sự đa dạng và sự không đồng nhất của các chỉ số hiệu quả kinh tế được sử dụng trong các nghiên cứu khác nhau.
Lợi ích môi trường trên diện tích 

Những tác động môi trường tích cực đối với đất, nước và phát thải khí nhà kính trên mỗi khu vực, cũng như kết quả hỗn hợp cho phát thải khí nhà kính trên một đơn vị sản xuất 
Về năng suất tài nguyên, NNHC thực hiện tốt hơn canh tác thông thường. NNHC theo định nghĩa là ít sử dụng thuốc trừ sâu và dinh dưỡng (các canh tác hữu cơ thường bị thiếu dinh dưỡng) và do việc sử dụng phân trộn, bã thải và chất thải, NNHC cũng có năng suất tài nguyên cao, liên quan đến chất thải. Các hoạt động hữu cơ làm tăng tính chất của đất (chất hữu cơ còn lại trên cánh đồng cho phép nước thấm vào đất và được giữ lại, giúp cho canh tác hữu cơ hoạt động tốt hơn các hệ thống thông thường trong thời gian hạn hán và mưa to).

Về bản chất, cách thức thực hành NNHC tác động trực tiếp đến việc bảo tồn đất và nước, đa dạng sinh học và biến đổi khí hậu. Do không có quá trình thụ phấn tổng hợp, người chăn nuôi hữu cơ quan tâm đến điều kiện đất và các hoạt động hữu cơ nhằm tăng cường chất hữu cơ và cacbon hữu cơ trong đất (Soil Organic Carbon - SOC) và duy trì cấu trúc của đất trong điều kiện tốt. Những mục đích này bao gồm việc sử dụng luân canh cây trồng, chất hữu cơ quay trở lại vào đất và quản lý dư lượng, bao phủ đất quanh năm với trồng liên canh, cây gieo hạt và cây lâu năm.

Về nguyên tắc, những hoạt động như vậy sẽ dẫn đến giảm xói mòn và cải thiện kiểm soát lũ: Chịu hạn cao hơn; giảm axit hóa đất, do không có phát thải khí amoniac; cải thiện độ màu mỡ của đất; mức độ đa dạng sinh học cao hơn (đặc biệt là trong sinh vật đất và độ phì của đất cao hơn do quản lý dinh dưỡng cẩn trọng). Theo định nghĩa, không có thuốc trừ sâu hóa học tổng hợp được sử dụng - do đó tác động đối với ô nhiễm liên quan đến sử dụng thuốc trừ sâu là tích cực. Về chất dinh dưỡng, việc sử dụng các chất dinh dưỡng giảm và chất dinh dưỡng chỉ từ phân động vật; do đó, nồng độ các chất dinh dưỡng thoát ra thấp hơn.

Cuối cùng, các thực tiễn hữu cơ có thể được coi là các chiến lược giảm nhẹ và thích ứng với biến đổi khí hậu. Giảm thiểu được thực hiện thông qua việc tránh phân bón hóa học (và kết quả là giảm phát thải CO2 và N2O) và mức độ SOC tăng lên theo hệ thống NNHC. Đạt được sự thích nghi vì các hệ thống hữu cơ được cho là thích nghi tốt hơn với hạn hán và phục hồi từ lũ lụt, tăng tính đa dạng sinh học và giảm độc tính, trong khi hầu hết các canh tác hữu cơ là các hoạt động sản xuất làm giảm rủi ro và giảm thiểu chi phí sản xuất. Hơn nữa, canh tác hữu cơ cũng có thể nâng cao tính đa dạng và khả năng phục hồi của hệ thống.

Tuy nhiên, canh tác hữu cơ có thể đòi hỏi phải cày bừa nhiều hơn so với trường hợp sử dụng thuốc diệt cỏ. Người ta cho rằng, trên một số loại đất, việc cày lặp đi lặp lại làm sâu lớp đất sâu và làm giảm năng suất; nước chảy ra khỏi đất đầm chặt dễ dàng hơn, do đó, làm tăng xói mòn.

Việc đo lường lượng phát thải khí nhà kính tương đối của NNHC và truyền thống là phức tạp và bị ảnh hưởng bởi số liệu được sử dụng (ví dụ: mỗi diện tích so với lượng phát thải trên một đơn vị sản phẩm được sản xuất, thang thời gian được sử dụng và những thay đổi trong sử dụng đất do thay đổi chiến lược sản xuất). Nhìn chung, không có bằng chứng cho thấy NNHC luôn có mức phát thải thấp hơn, mặc dù một số thực hành hữu cơ chắc chắn là có (ví dụ như sử dụng cây họ đậu để cung cấp đầu vào nitơ cho chăn nuôi gia súc) và có thể được áp dụng rộng rãi hơn trong các hệ thống sản xuất khác.

Bảo tồn đa dạng sinh học: Lợi ích môi trường quan trọng của canh tác hữu cơ 
Liên quan đến sự đóng góp vào đa dạng sinh học và cung cấp hàng hoá công, một nghiên cứu cho thấy các trang trại hữu cơ có điểm số tốt hơn so với các trang trại thông thường, mặc dù các tài liệu cũng nhấn mạnh các kết quả khác nhau tùy thuộc vào các chỉ số đa dạng sinh học, nhóm động vật chân đốt được xem xét và các hệ sinh thái nông nghiệp được nghiên cứu. Có nhiều loài động vật chân đốt khác (các côn trùng như nhện, ve, rết, rìa) trong các hệ thống NNHC. Điều này dường như liên quan đến việc không có thuốc trừ sâu hóa học, mật độ cây trồng thấp hơn và tỷ lệ cỏ dại cao hơn. Sự phong phú về hoạt động của vi sinh vật, động vật chân đốt và cỏ dại thu hút các dạng động vật hoang dã cao hơn trong chuỗi thức ăn, ví dụ như chim, mặc dù việc làm cỏ thường xuyên hơn ở các trang trại hữu cơ có thể làm hại chim, sâu và động vật không xương sống. Bằng chứng cũng cho thấy rằng các hệ thống hữu cơ có hiệu quả tốt hơn đối với đa dạng sinh học của hoa và động vật. Thông qua việc sử dụng luân canh cây trồng, canh tác hữu cơ có thể khuyến khích sự đa dạng của cảnh quan, từ đó tạo ra môi trường sống đa dạng, vì lợi ích của quần thể động vật hoang dã địa phương. Tuy nhiên, tác động thực tế của các hệ thống hữu cơ đối với cảnh quan là rất khó định lượng.

Schader và cộng sự (2012) kết luận rằng những ảnh hưởng của canh tác hữu cơ đối với đa dạng sinh học nằm trong số những nghiên cứu thường xuyên nhất và là những lợi ích môi trường không thể phủ nhận của NNHC. Họ dẫn chứng các nghiên cứu liên quan khác nhau cho thấy sự khác biệt rõ ràng giữa các hệ thống canh tác hữu cơ và truyền thống. Mặc dù những khác biệt này khác nhau giữa các nhóm phân loại, đối với mỗi nhóm loài có sự khác biệt lớn, với mức độ đa dạng trung bình khoảng 50% loài trong các trang trại hữu cơ.

Crowder et al. (2010) chỉ ra rằng chức năng hệ sinh thái bị suy thoái do giảm số loài, và bằng cách nghiêng về sự phong phú tương đối của các loài (sự cân bằng). Các tác động sinh thái của sự cân bằng đã không nhận được nhiều sự quan tâm, trong khi các nỗ lực bảo tồn thường tập trung vào việc khôi phục hoặc duy trì số loài, phản ánh các tác động đã biết của sự phong phú về nhiều quá trình sinh thái. Các tác giả cho rằng các phương pháp canh tác hữu cơ giảm nhẹ thiệt hại sinh thái này bằng cách thúc đẩy sự cân bằng.

Hơn nữa, ảnh hưởng của sự cân bằng giữa các nhóm thiên địch dường như độc lập và bổ sung. Kết quả của chúng củng cố lập luận rằng sự trẻ hóa chức năng hệ sinh thái đòi hỏi phải khôi phục sự cân bằng loài chứ không chỉ là sự phong phú. NNHC có thể hoạt động tốt hơn do luân canh cây trồng đa dạng hơn và tỷ lệ thực hiện các yếu tố cấu trúc cao hơn như cây ăn quả và cây lâu năm. 

Gomiero et al. (2011) cũng nhận thấy rằng các hệ thống canh tác hữu cơ thường hỗ trợ đa dạng sinh học hoa và động thực vật lớn hơn các hệ thống thông thường, mặc dù nếu được quản lý hợp lý thì canh tác thông thường cũng có thể cải thiện đa dạng sinh học. Nhưng quan trọng hơn, họ cho rằng cảnh quan xung quanh đất canh tác theo phương pháp thông thường cũng có tiềm năng tăng cường đa dạng sinh học ở các diện tích nông nghiệp. Sandhu và cộng sự (2010) cho rằng NNHC đóng một vai trò quan trọng trong việc cung cấp các dịch vụ hệ sinh thái, như kiểm soát sinh học, thụ phấn, hình thành đất và chu trình dinh dưỡng trong nông nghiệp - vốn rất quan trọng cho việc cung cấp thực phẩm và chất xơ bền vững.