Mặc dù các nguyên nhân của dị ứng thực phẩm, phản ứng miễn dịch với một số thực phẩm đôi khi có thể gây tử vong, vẫn chưa được biết đến, nhưng các nghiên cứu đã gợi mở về những chế độ vệ sinh hoặc ăn uống hiện đại có thể đóng vai trò quan trọng bằng cách làm xáo trộn thành phần vi khuẩn tự nhiên của cơ thể. Trong những năm gần đây, tỷ lệ dị ứng thức ăn ở trẻ em đã tăng mạnh, khoảng 50% từ năm 1997 đến 2011  và các nghiên cứu đã cho thấy một mối tương quan với việc sử dụng kháng sinh và kháng khuẩn. 

TS. Cathryn NAGLER, Giáo sư dị ứng thực phẩm cho biết: "Kích thích môi trường như lạm dụng thuốc kháng sinh, chế độ ăn giàu chất béo, đẻ mổ, loại bỏ các tác nhân gây bệnh phổ biến và thậm chí nuôi theo công thức đã ảnh hưởng đến hệ vi sinh phát triển đồng hành với chúng ta. Các kết quả nghiên cứu của chúng tôi cho thấy điều này có thể góp phần làm tăng độ nhạy cảm với dị ứng thực phẩm."

Để kiểm tra cách vi khuẩn đường ruột ảnh hưởng đến dị ứng thực phẩm, các tác giả đã nghiên cứu phản ứng với các chất gây dị ứng thực phẩm ở chuột. Những con chuột không chứa mầm bệnh (sinh ra và lớn lên trong điều kiện vô trùng không có vi sinh vật cư trú) và chuột được điều trị bằng thuốc kháng sinh từ khi mới sinh (làm giảm đáng kể vi khuẩn đường ruột) được cho tiếp xúc với các chất gây dị ứng là đậu phộng. Cả hai nhóm chuột thể hiện phản ứng miễn dịch mạnh mẽ, sản sinh lượng kháng thể chống lại các chất gây dị ứng này ở mức cao hơn nhiều so với chuột có vi khuẩn đường ruột bình thường.

Tuy nhiên, sự nhạy cảm với các chất gây dị ứng thực phẩm này có thể được đảo ngược bằng cách đưa hỗn hợp vi khuẩn Clostridia vào chuột. Các nhà khoa học đã đưa một nhóm vi khuẩn đường ruột khác là Bacteroides vào, nhưng chúng đã thất bại trong việc làm giảm độ nhạy cảm. Vì thế, Clostridia có vai trò quan trọng bảo vệ chống lại các chất gây dị ứng thực phẩm.

Để xác định cơ chế bảo vệ chống chất gây dị ứng thực phẩm, các nhà khoa học đã nghiên cứu phản ứng miễn dịch tế bào và phân tử đối với vi khuẩn trong ruột. Phân tích di truyền cho thấy Clostridia đã làm cho các tế bào miễn dịch bẩm sinh sản sinh nồng độ cao interleukin-22 (IL-22), một phân tử tín hiệu làm giảm tính thấm của niêm mạc ruột.

Những con chuột được điều trị bằng kháng sinh, được cung cấp phân tử IL-22 hoặc vi khuẩn Clostridia. Khi tiếp xúc với chất gây dị ứng đậu phộng, chúng đều có hàm lượng chất gây dị ứng trong máu giảm so với nhóm đối chứng. Tuy nhiên, hàm lượng chất gây dị ứng tăng mạnh sau khi chuột được cung cấp các kháng thể trung hòa IL-22, cho thấy IL-22 bị vi khuẩn Clostridia kích thích, ngăn chặn chất gây dị ứng xâm nhập vào máu.

Trong khi các yếu tố phức tạp và đa phần chưa được xác định như di truyền ảnh hưởng lớn đến việc mỗi người phát triển các chất gây dị ứng thực phẩm và cách thức biểu hiện, thì việc xác định phản ứng hàng rào bảo vệ do vi khuẩn tạo ra là mô hình mới để ngăn ngừa sự nhạy cảm với thực phẩm. Vi khuẩn Clostridia xuất hiện phổ biến ở người và được cho là mục tiêu rõ ràng cho liệu pháp tiềm năng ngăn chặn hoặc điều trị dị ứng thực phẩm. Các nhà khoa học đang nghiên cứu phát triển và thử nghiệm các thành phần được dùng cho liệu pháp lợi khuẩn.