Tuy nhiên, quá trình ứng dụng vào sản xuất, nhiều doanh nghiệp, trang trại cho ra đời các loại sản phẩm đóng nhãn mác thực phẩm hữu cơ, nhưng chưa thật sự phù hợp với tiêu chuẩn TCVN 11041:2015 đã ban hành, cũng như không đáp ứng các yêu cầu an toàn thực phẩm, khiến người tiêu dùng hoang mang, thiếu tin tưởng vào chất lượng các loại thực phẩm hữu cơ trên thị trường.

Vì vậy, để tạo điều kiện cho các doanh nghiệp/trang trại sản xuất nông nghiệp hữu cơ phát triển đúng hướng, cũng như tạo niềm tin cho người tiêu dùng, cần xây dựng Bộ Tiêu chuẩn hữu cơ Việt Nam, tương đương tiêu chuẩn CODEX - GL32-1999, có tham khảo tiêu chuẩn của Tổ chức các phong trào hữu cơ quốc tế (IFOAM), vừa phù hợp thực tế nền sản xuất nông nghiệp tại Việt Nam, vừa bảo đảm tính hội nhập quốc tế.

Bên cạnh đó, cần tăng cường quản lý hoạt động sản xuất, kinh doanh và chứng nhận sản phẩm nông nghiệp hữu cơ, giúp người tiêu thụ an tâm khi sử dụng, bảo đảm an toàn, chất lượng, được chứng nhận và cam kết truy xuất được nguồn gốc; khuyến khích doanh nghiệp đầu tư sản xuất kinh doanh sản phẩm hữu cơ, phân bón hữu cơ, phân sinh học, vi sinh, chế phẩm bảo vệ thực vật sinh học; xây dựng thương hiệu, phát triển thị trường và quảng bá sản phẩm hữu cơ Việt Nam trên thế giới và khu vực.