Một trong các điểm mới của Nghị định 95 là cơ chế khoán đến sản phẩm cuối cùng và các tiêu chí đồng thời phải đáp ứng theo một số điều kiện cụ thể. Đó là các nhiệm vụ, đề tài phải được xác định rõ tên sản phẩm; tiêu chí, chất lượng của sản phẩm; có đơn vị đo, định mức chất lượng hoặc yêu cầu về khoa học cần phải đạt được ngay từ khi xây dựng đề tài, số lượng, quy mô sản phẩm. Đáng chú ý, đề tài khoa học cần gắn với sản xuất, ứng dụng cụ thể. Trong trường hợp nhiệm vụ, đề tài đã được xác định rõ theo tiêu chí cụ thể thì dự toán nhiệm vụ này phải được tính đúng, tính đủ trên cơ sở định mức cụ thể kỹ thuật hiện có. Nói cách khác, dự toán đề tài đó liên quan đến hoạt động nông nghiệp sẽ được tính theo định mức kinh tế nông nghiệp, liên quan đến xây dựng được tính theo định mức kinh tế xây dựng...

Tuy nhiên, không phải lĩnh vực nào cũng có những định mức kinh tế kỹ thuật làm quy chiếu. Thực tế, có những đề tài nghiên cứu chưa có định mức kinh tế kỹ thuật, cần cơ quan, đơn vị có thẩm quyền phê duyệt dự án, đề tài đó. Vì vậy, trường hợp cuối cùng, đề tài, dự án đó sẽ được chính cơ quan nhà nước có thẩm quyền dự toán, thuyết minh trên cơ sở khoán chi đến sản phẩm cuối cùng nhằm tạo điều kiện thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu cho các nhà khoa học. Trước đây, cơ chế quản lý đề tài nghiên cứu đều vận hành theo cơ chế hành chính.

Tuy nhiên, nhiều nhà khoa học cho rằng, thời gian nghiên cứu thường không dài bằng thời gian dành cho thanh, quyết toán. Điều này đã gây khó khăn cho các nhà khoa học. Vậy điểm mới của Nghị định 95 nhằm tạo cơ chế thông thoáng, đổi mới sáng tạo trong hoạt động khoa học và công nghệ (KH và CN).

Bên cạnh đó, Nghị định 95 không chỉ nhằm tới quản lý tài chính theo kiểu minh bạch với các cơ quan tài chính liên quan bên ngoài (tức là quá trình nghiên cứu phải có đầy đủ hóa đơn chứng từ hợp lệ) mà còn phải rõ ràng với các cá nhân, đơn vị trong nội bộ nhóm nghiên cứu.

Nghị định 95 quy định rất rõ, việc xác định nguyên nhân, lý do tại sao đề tài đó bị dừng triển khai. Nguyên nhân có thể do chủ quan hoặc khách quan, bởi trong nghiên cứu khoa học, có những trường hợp đề tài bị dừng, hoặc không hoàn thành do điều kiện khách quan, bất khả kháng. Thí dụ, nghiên cứu về biển, không thành công do thời tiết tác động, trường hợp này, Nhà nước sẽ thanh toán cho nhóm nghiên cứu. Trường hợp lỗi do nguyên nhân chủ quan gây thất thoát, Nhà nước sẽ thu hồi toàn bộ số kinh phí chưa sử dụng. Đối với số kinh phí đã sử dụng khi nghiên cứu đề tài, việc thu hồi còn tùy thuộc vào từng mức độ cụ thể, có thể thu hồi tối đa 100%, nhưng mức độ thu hồi tối thiểu phải đạt 4% số kinh phí đã sử dụng. Ngoài ra, Nghị định còn có biện pháp xử lý cả nhà quản lý, cá nhân, tổ chức có liên quan. Điều này có nghĩa nhà quản lý phải có trách nhiệm đánh giá, xem xét đề tài của các nhà khoa học có phù hợp với điều kiện thực tiễn hay không.

Có thể nói, Nghị định 95 sẽ tạo điều kiện tối đa cho các nhà khoa học trong nghiên cứu, triển khai các đề tài, cụ thể hóa hơn nữa đối với các doanh nghiệp nhà nước trong việc quy định bắt buộc trích tối thiểu là 3% và tối đa là 10% lợi nhuận trước thuế cho quỹ phát triển KH và CN; khuyến khích các doanh nghiệp ngoài nhà nước thành lập quỹ KH và CN. Nghị định sẽ tạo ra cơ chế thông thoáng hơn cho doanh nghiệp sử dụng quỹ KH và CN để tiến hành nghiên cứu, triển khai công nghệ, mua kết quả nghiên cứu nhằm tiến hành phát triển, đổi mới doanh nghiệp. Đây cũng chính là một trong những điểm nhấn quan trọng để thực hiện việc thúc đẩy thị trường KH và CN trong thời gian tới.

Để Nghị định 95 thật sự đi vào cuộc sống và hỗ trợ tối đa cho các nhà khoa học, Bộ KH và CN sẽ triển khai một loạt văn bản hướng dẫn, phối hợp với các bộ, cơ quan ban, ngành có liên quan để ban hành, thay thế những hướng dẫn không còn phù hợp với tình hình thực tế hiện nay.

Song song với việc thực hiện nhiệm vụ nêu trên, Bộ KH và CN cần tiến hành triển khai một loạt các văn bản quy phạm pháp luật khác nhằm thắt chặt việc quản lý nhưng vẫn tạo cơ chế thông thoáng nhất cho các nhà khoa học trong nghiên cứu.