Theo Kế hoạch, Bộ KH&CN sẽ tiếp tục đẩy mạnh triển khai thực hiện chương trình CCHC nhà nước giai đoạn 2011-2020 và Kế hoạch CCHC giai đoạn 2016-2020 của Thủ tướng Chính phủ. Kế hoạch hướng đến mục tiêu tiếp tục xây dựng, hoàn thiện hệ thống VBQPPL theo hướng minh bạch, tạo điều kiện thuận lợi nhất cho tổ chức, cá nhân hoạt động trong lĩnh vực KH&CN, phù hợp với thông lệ quốc tế và cam kết của Việt Nam; tiếp tục đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính (TTHC) theo hướng đơn giản, dễ tiếp cận và dễ thực hiện nhằm tạo sự bình đẳng, thông thoáng, thuận lợi, minh bạch hướng tới nền hành chính phục vụ tổ chức, cá nhân góp phần cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia; cải cách TTHC giữa các đơn vị thuộc Bộ và trong nội bộ từng đơn vị thuộc Bộ;

Kiện toàn hệ thống tổ chức bộ máy của Bộ; tiếp tục đổi mới cơ chế tài chính cho hoạt KH&CN và cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các tổ chức KH&CN công lập; tiếp tục nghiên cứu, đổi mới, quản lý và triển khai thực hiện có hiệu quả Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn quốc gia TCVN ISO 9001:2008 vào hoạt động của các cơ quan, tổ chức thuộc hệ thống hành chính nhà nước; đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý, chỉ đạo điều hành, triển khai dịch vụ công trực tuyến mức độ cao;...

Về cải cách thể chế, Bộ sẽ xây dựng, ban hành kế hoạch xây dựng VBQPPL hàng năm; nâng cao chất lượng xây dựng VBQPPL, đảm bảo đúng tiến độ theo kế hoạch đã được Bộ phê duyệt. Đẩy mạnh công tác kiểm tra, rà soát, hệ thống hóa, hợp nhất, sửa đổi, bổ sung và hoàn thiện hệ thống VBQPPL trong lĩnh vực KH&CN góp phần tích cực vào việc xây dựng và hoàn thiện hệ thống pháp luật, đáp ứng yêu cầu CCHC.

Đồng thời đẩy mạnh tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật, đa dạng hóa các phương pháp tuyên truyền; lồng ghép công tác thông tin, tuyên truyền cải cách hành chính với công tác tuyên truyền, phổ biến, giáo dục về các chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước về KH&CN.

Trong công tác CCTTHC, thực hiện đơn giản hóa thủ tục hành chính, rà soát, đánh giá, công bố, công khai TTHC theo quy định; kiểm soát chặt chẽ việc ban hành mới các TTHC trong các VBQPPL, sửa đổi, bổ sung các TTHC, bảo đảm theo hướng đơn giản, minh bạch; đẩy nhanh việc thống kê, công bố, công khai các TTHC mới ban hành, TTHC được sửa đổi, bổ sung, thay thế hoặc bị bãi bỏ, hủy bỏ thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ; tiếp nhận, xử lý phản ánh, kiến nghị của cá nhân, tổ chức về quy định hành chính và giám sát thực hiện các TTHC của các đơn vị thuộc Bộ;...

Về cải cách tài chính công, Bộ sẽ xây dựng kế hoạch và dự toán ngân sách nhà nước trung hạn và hằng năm; phân bổ, cân đối ngân sách nhà nước, quản lý chi tiêu hiệu quả. Tiếp tục cải tiến công tác dự toán, phân bổ, cân đối ngân sách nhà nước và quản lý chi tiêu để tạo sự chủ động và tăng cường trách nhiệm của các đơn vị, bảo đảm hiệu quả, tiết kiệm, chống lãng phí; thực hiện phân công, phân cấp rõ ràng, cụ thể về công tác kế hoạch, tài chính. Đẩy mạnh cải cách các đơn vị sự nghiệp dịch vụ công theo hướng tăng cường giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về mọi mặt hoạt động của đơn vị thay cho việc hỗ trợ kinh phí hoạt động thường xuyên cho đơn vị.

Đặc biệt, để hiện đại hóa nền hành chính, Bộ tiếp tục tổ chức thực hiện triển khai các chủ trương, chiến lược, cơ chế, chính sách, chương trình, kế hoạch, đề án về phát triển ứng dụng công nghệ thông tin phục vụ công tác quản lý của Bộ; xây dựng, hoàn thành hệ thống hạ tầng công nghệ thông tin của ngành bao gồm hệ thống mạng thông tin, trang thiết bị máy tính, hệ thống thu thập, xử lý, lưu trữ và trao đổi thông tin số, hệ thống cơ sở dữ liệu quốc gia về KH&CN; đẩy mạnh hoạt động chuyển giao công nghệ và các dịch vụ về ứng dụng và phát triển công nghệ thông tin, công tác nghiên cứu, ứng dụng KH&CN và hợp tác quốc tế về lĩnh vực công nghệ thông tin; công bố danh mục các dịch vụ hành chính công trên mạng thông tin điện tử của Bộ và các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ;...